Es la aplicación de un tratamiento biológico, principalmente microbios, para la limpieza de contaminantes peligrosos en el suelo y en las aguas superficiales o subterráneas. Los microorganismos se usan para convertir los contaminantes en formas menos dañinas.

Se define como Demanda Biológica de Oxígeno (DBO) de un líquido a la cantidad de oxígeno que los microorganismos, especialmente bacterias (aeróbias o anaerobias facultativas: Pseudomonas, Escherichia, Aerobacter, Bacillius), hongos y plancton, consumen durante la degradación de las sustancias orgánicas contenidas en una muestra de agua contaminada. Se expresa en mgO2/l. Es un parámetro indispensable cuando se necesita determinar el estado o la calidad del agua de ríos, lagos, lagunas o efluentes. Cuanto mayor cantidad de materia orgánica contiene la muestra, más oxígeno necesitan sus microorganismos para oxidarla (degradarla). Como el proceso de descomposición varía según la temperatura, este análisis se realiza en forma estandar durante cinco días a 20°C; esto se indica como DBO5. Según las reglamentaciones, se fijan valores de D.B.O. máximo que pueden tener las aguas residuales, para poder verterlas a los ríos y otros cursos de agua. De acuerdo a estos valores se establece, si es posible arrojarlas directamente o si deben sufrir un tratamiento previo.

La Demanda Química de Oxígeno (DQO) es un parámetro que mide la cantidad de sustancias susceptibles de ser oxidadas por medios químicos que hay disueltas o en suspensión en una muestra líquida. Se utiliza para medir el grado de contaminación y se expresa en miligramos de oxígeno diatómico por litro (mg O2/l). Aunque este método pretende medir principalmente la concentración de materia orgánica, sufre interferencias por la presencia de sustancias inorgánicas susceptibles de ser oxidadas (sulfuros, sulfitos, yoduros...), que también se reflejan en la medida. Es un método aplicable en aguas continentales (ríos, lagos o acuíferos), aguas negras, aguas pluviales o agua de cualquier otra procedencia que puedan contener una cantidad apreciable de materia orgánica. Este ensayo es muy útil para la apreciación del funcionamiento de las estaciones depuradoras.

• Las Bacterias son los microorganismos unicelulares vivos más abundantes del planeta. Tienen la habilidad de multiplicarse y consumir residuos de varios tipos. Mejor dicho, las bacterias son máquinas de limpieza que provee la naturaleza para remover contaminación.
• Las Enzimas NO son vivas. Son complejos químicos producidos por las bacterias. No se pueden reproducir o consumir residuos. Sirven para "cortar" moléculas complejas y diluir la contaminación.
• Los Químicos NO son vivos. Son moléculas producidas por la industria. Pueden ser utilizados para imitar las propiedades de las bacterias o de las enzimas pero resultan en su mayoría DAÑINOS para el Medio Ambiente e ineficientes.

• Las bacterias consumen los desechos. Cuando una bacteria consume residuos, los convierte en subproductos inofensivos, dióxido de carbono y agua. Cuando los residuos son muy complejos, las bacterias producen enzimas para degradar las moléculas complejas en componentes simples que las bacterias pueden digerir.
• Las enzimas no son capaces de consumir residuos. En realidad, lo que hacen es convertir moléculas de desechos complejas en moléculas más simples. Las bacterias siguen necesarias para consumir las moléculas simples. Las enzimas solas no hacen el trabajo de forma completa.
• Los químicos pueden oxidar lodos y amoniaco pero generalmente solo químicos agresivos y peligrosos pueden hacerlo. Los químicos menos peligrosos en general no resultan muy eficientes. Los Químicos tienen problemas considerables de toxicidad y son propensos a dañar la vida en los cuerpos de agua.